يكي ديگر از خط‌مشي‌هاي انجمن حجتيه بعد از پيروزي انقلاب جايگزيني مبارزه با ماركسيسم به جاي بهائيت بود. هر چند سعي مي‌كردند تا دو سه سال بعد از انقلاب همچنان خطر بهائيت را زنده نگه دارند ولي اهتمام اصلي خود را معطوف به ماركسيسم كردند و در كلاس‌هاي آموزشي خود ماركسيسم را نقد مي‌كردند، اين در حالي بود كه حداقل به خطر و خسران فرهنگ غرب كه تا مغز استخوان دانشگاه‌‌ها، مراكز تربيتي، ادارات و جامعه رسوخ كرده بود بي‌توجه بودند و ماركسيسم را مسئله اصلي نشان مي‌دادند. آيت‌الله جنتي در اين رابطه مي‌گويد: دليل اينكه تكيه‌تان روي ضدانقلاب چپ است و از ضدانقلاب راست غفلت مي‌ورزيد چيست؟ مگر امام آمريكا را شيطان بزرگ نخواندند، مگر ما گرفتار آمريكا در نيم قرن اخير نبوده‌ايم؟ در حالي كه شعار ما نه شرقي، نه غربي است چرا شعار نه غربي را ول كرده‌ايم و شعار نه شرقي را چسبيده‌ايد با اينكه ما تأييد مي‌‌كنيم هر دو براي جامعه بشريت خطر است.)
دكتر محمدرضا سياهي نيز در اين باره نقل مي‌كند : در سال 1359 با يكي از اعضاي انجمن ملاقات داشتيم كه به همان تغيير رويه انجمن از مبارزه با بهائيت به مبارزه با ماركسيسم اشاره مي‌كرد. مي‌گفت كه: «امروز مبارزه با ماركسيسم در اولويت برنامه ماست.» در واقع اين هدف اشتباهي بود و با رشد انقلاب اسلامي و فروپاشي نظام كمونيستي شوروي، بطلان اين مكتب الحادي بر همه آشكار گرديد. به همين جهت، انجمن حجتيه در مجموع كوچك‌ترين موضع منفي در قبال جريان بني‌صدر، جبهه ملي، تظاهرات 25 خرداد، حزب خلق مسلمان و... اتخاذ نكرد و حتي در قبال بني‌صدر تا آخرين لحظات هيچ‌گونه جبهه‌گيري و مخالفت نكرد؛‌ اما پس از آنكه بني‌صدر، از مقام رسمي عزل شد و كار به اتمام رسيد، ديگر علاج و گريزي جز محكوم كردن بني‌صدر نيافت و اطلاعيه‌اي صادر و بني‌صدر را خودفروخته خواند.)